El Programa de Acreditación de la Fundación Bioquímica Argentina se basa en la evaluación, mediante auditorías, de estándares de estructura, procesos y resultados, los que se encuentran desarrollados en un Manual de Acreditación. A continuación se presentan las definiciones de cada una de las tres áreas mencionadas

Estructura:
 Comprende la evaluación de recursos humanos, planta física y equipamiento, con un criterio de funcionalidad de dicha estructura. No es un ordenador de complejidad y está basado fundamentalmente en las normas fijadas por la legislación vigente en la mayoría de las provincias argentinas en lo que hace a la habilitación de laboratorios.

Procesos: Comprende la evaluación de las operaciones y procedimientos que se realizan en los laboratorios para obtener resultados adecuados. Se evalúan procesos administrativos, operativos y técnicos, haciendo hincapié en normas de bioseguridad, procedimientos de derivación de muestras, controles internos de la calidad y registros y archivos de los pacientes y resultados.

Resultados: Aspecto de la evaluación que pretende medir la confiabilidad de los métodos analíticos utilizados y de los resultados obtenidos. Esta evaluación está basada fundamentalmente en la validación metodológica y en los resultados obtenidos en la participación de los laboratorios en Programas de Evaluación Externa de la Calidad (PEEC).

El proceso de acreditación del PAL es transparente. Los laboratorios solicitantes en principio se evalúan a sí mismos sobre el cumplimiento de los estándares; llenan un formulario con carácter de Declaración Jurada en la web de la FBA (www.fba.org.ar) para indicar su cumplimiento y lo envían, a la oficina del PAL (secpal@fba.org.ar). Una vez recibida la solicitud del laboratorio, el Comité Ejecutivo del PAL designa a/los evaluador/es encargado/s de realizar la auditoría.
Las auditorías de calidad o visitas de evaluación, conceptualmente consisten en la comparación de un modelo (definido por los estándares del manual de acreditación vigente) y la realidad (representada por la Declaración Jurada del laboratorio solicitante, y constatada mediante la evaluación en terreno por parte los evaluadores del PAL); de esta comparación surgen los posibles "desvíos" o "no conformidades".

La tarea del evaluador del PAL, consiste en realizar esta comparación, reflejando tales posibles desvíos en su planilla de evaluación y elevarla al Comité Ejecutivo del PAL, que es el organismo encargado de dictaminar si corresponde o no el otorgar la Acreditación al laboratorio en cuestión.
Una vez informado de las no conformidades encontradas, el Laboratorio deberá implementar las "acciones correctivas" que estime conveniente, de manera tal de lograr el acercamiento entre "la realidad y el modelo". Una vez implementada dicha acción correctiva, deberá ser notificada mediante la presentación de documentación fehaciente, quedando sujeto a verificación por parte del PAL, con el objeto de determinar si efectivamente dicha acción fue implementada,
y si logró el efecto buscado. En tal caso el Laboratorio obtendrá su certificado de acreditación por el tiempo estipulado, en caso contrario, el Laboratorio no será acreditado.
El PAL está entregando actualmente certificados de acreditación con dos y cuatro años de validez, en virtud del resultado de la evaluación sujetos a la posibilidad de establecer auditorías de seguimiento durante dicho período.